SARS-CoV-2相关的穿山甲冠状病毒违背自然规律的遗传证据

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经过分析判断,一系列提示穿山甲是SARS-CoV-2中间宿主的冠状病毒均为伪造

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遗传证据证明穿山甲冠状病毒具有欺诈性

从进化角度而言,在冠状病毒基因组内,刺突的RBD受最强的阳性选择作用,因为只要病毒穿过物种壁垒并进入新宿主,它就需要适应结合新受体。在B属β冠状病毒中,受体识别最重要的部分是RBM,它完全决定了与ACE2的结合。令人惊讶的是,当将穿山甲病毒MP7896的RBM序列与SARS-CoV-2的RBM序列进行比较时,未观察到阳性选择(图7A)。反而,分析揭示具非常强的纯化选择中有24个同义突变和仅一个非同义突变。相反,当以相似的方式比较两种相关的蝙蝠冠状病毒BM48-31[1]和BtKY72[2]时,可以看到预期的强阳性选择(图7B)。在这里,虽然有25个同义突变,与MP789和SARS-CoV-2之间的突变相当,但非同义突变的数量为30(图7B)。显然,穿山甲和人类之间的物种差异大于BM48-31和BtKY72的宿主之间的物种差异,它们是两种不同种类蝙蝠。因此,与BM4831和BtKY72之间相比,MP789和SARS-CoV-2之间应该有更大的阳性选择。所以,在MP789和SARS-CoV-2之间观察到的强纯化选择与自然进化的原理相矛盾。


MP789和SARS-CoV-2的RBM对比观察到的结果与自然进化原理相矛盾.png

图7.在穿山甲冠状病毒MP789和SARS-CoV-2的比较中观察到的RBM极高的净化压力与自然进化的原理相矛盾。

在相关冠状病毒之间分析了RBM区的同义和非同义突变:

A.穿山甲冠状病毒MP789(MT121216.1)和SARS-CoV-2(NC_045512.2),

B. 蝙蝠冠状病毒BM48-31(NC_014470.1)和BtKY72(KY352407.1),

C. 蝙蝠冠状病毒ZC45和ZXC21。

D.来自所有六种病毒的RBM序列的比对。

按照SARS-CoV-2 刺突的顺序标记RBM的开始和结束。


SARS-CoV-2相关的三组病毒成对比较RBM中同义与非同义突变的摘要.png

表3. 三组成对比较中RBM中同义 / 非同义突变的摘要


在随机选择的20条SARS-CoV-2序列中观察到了刺突蛋白的阳性选择,而不是纯化选择.png

图5


我们还进一步观察了冠状病毒感染同一物种后其受体结合基序(RBM)的同义和非同义突变。在这里,我们将同一种蝙蝠所感染的两种密切相关的冠状病毒ZC45和ZXC21的RBM段进行了比较(图7C)。在这里,我们观察到了12个同义突变和3个非同义突变,也就是4:1的同义/非同义比值。这个比值可能就是冠状病毒的RBM可能发生的净化选择的近似上限(表格3)。而且,在随机选取的20个SARS-CoV-2序列的RBM中,没有观察到净化选择(图5,密码子范围437-507)。


因此,在MP789和SARS-CoV-2的RBM中观察到了极高的同义/非同义比值(24:1)表明,这两种病毒中,至少有一种是人工合成的。


我们认为,为了将SARS-CoV-2 中独有的RBD/RBM伪造成自然存在的,那么穿山甲冠状病毒的RBD/RBM中的氨基酸序列也须被伪造得与SARS-CoV-2 中的氨基酸序列很相似。同时,进行这个造假操作的专家(专家们)又希望让穿山甲病毒和SARS-CoV-2在它们的核苷酸水平上有适当的不同,因此他们在RBM中引入了大量的同义突变。我们在图7A和表3中所看到的异常情况很有可能就是这些造假操作而造成的结果。



SARS-CoV-2相关的穿山甲病毒刺突蛋白中的同义和非同义突变的异常分布.png


图8.穿山甲病毒刺突蛋白中的同义和非同义突变的异常分布。

A.MP789和P4L(MT040333.1)之间的比较。

B.BM48-31和BtKY72之间的比较



对SARS-CoV-2相关的穿山甲和蝙蝠冠状病毒进行配对比较后, 观察到的不同蛋白同义与非同义突变比例.png

表 4. 对穿山甲和蝙蝠冠状病毒进行配对比较后,观察到的不同病毒蛋白中同义/非同义突变比例


SARS-CoV-2 and RaTG13,ZC45 and ZXC21 synonymous and non-synonymous.png

图4


类似的,对刺突蛋白整体进行的同义/非同义分析进一步揭示了这些新型穿山甲冠状病毒是伪造的。在这里,我们比较了穿山甲冠状病毒的两个代表:MP789[3](一种在广东分离的穿山甲冠状病毒)和P4L[4](一种在广西分离的穿山甲病毒),因为它们各自的基因序列具有非常高的序列相同性[5]。如图8A所示,与之前在RaTG13和SARS-CoV-2比较中观察到了异常分布相似(图4A,右),在MP789和P4L的比较中,同义突变和非同义突变也出现了截然不同的轨迹,而且非同义突变曲线在序列的S2版段突然变平。


为了做比较,我们还对两种类SARS的蝙蝠冠状病毒,BM31he BtKY72,它们的刺突蛋白基因进行了分析。上面的两种穿山甲冠状病毒MP789和P4L ,在整体基因组的相似度为85.2%,而这两种蝙蝠冠状病毒BM48-31和BtKY72,它们的整体基因组的相似度为82.4%。因此,将这两种蝙蝠冠状病毒进行比较是恰当的。这两种蝙蝠病毒的分析结果显示,同义突变和非同义突变两条曲线的延展方向比较一致,没有观察到有红色曲线突然变平的情况(图8B)。


在计数每对比较中同义和非同义突变的具体数量后,穿山甲冠状病毒的非自然特征被进一步的显现出来(表4)。虽然我们已经预计穿山甲冠状病毒S2蛋白中的同义突变和非同义突变比值不会比Orflb中的比值更保守,但我们在MP789和P4L 配对比较中观察到的S2的同义突变/非同义突变比值却异常的高(有207个同义突变和9个非同义突变;同义突变/非同义突变比值=12:1),这个比值远远高于在Orflb中观察到的(7.6:1)。


由于这里的两种蝙蝠冠状病毒都是由中国以外的独立的研究小组在自然界中分别发现的[6][7],图8B中显示的特性很可能就代表了两种存在这种总体水平的,不同的蝙蝠冠状病毒,它们大概的进化特征。根据之前所描述的逻辑,我们在图8A和8B中所看到的巨大反差,以及同义突变/非同义突变比重中出现的异常比值23:1(表4)进一步证明在MP789和P4L两者之间,至少有一个是假病毒,尽管我们认为这两组分别代码为MP789和P4L的穿山甲冠状病毒其实都是非自然、人为杜撰的假病毒。

  1. Drexler, J.F. et al. Genomic characterization of severe acute respiratory syndrome-related coronavirus in European bats and classification of coronaviruses based on partial RNA-dependent RNA polymerase gene sequences. J Virol 84, 11336-49 (2010).
  2. Tao, Y. & Tong, S. Complete Genome Sequence of a Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Coronavirus from Kenyan Bats. Microbiol Resour Announc 8(2019).
  3. Liu, P. et al. Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (SARS-CoV-2)? PLoS Pathog 16, e1008421 (2020).
  4. Lam, T.T. et al. Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature (2020).
  5. Chan, Y.A. & Zhan, S.H. Single source of pangolin CoVs with a near identical Spike RBD to SARS-CoV-2. bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2020.07.07.184374 (2020).
  6. Drexler, J.F. et al. Genomic characterization of severe acute respiratory syndrome-related coronavirus in European bats and classification of coronaviruses based on partial RNA-dependent RNA polymerase gene sequences. J Virol 84, 11336-49 (2010).
  7. Tao, Y. & Tong, S. Complete Genome Sequence of a Severe Acute Respiratory Syndrome-Related Coronavirus from Kenyan Bats. Microbiol Resour Announc 8(2019).